Arrêt maladie long : trois ans ou un an selon la prise en charge

Un arrêt de travail qui s'installe dans la durée pose vite une question simple : combien de temps les indemnités journalières peuvent-elles être versées ? Pour une partie des assurés en arrêt long, la réponse change cet automne. Deux décrets signés le 16 septembre 2026 ramènent de trois ans à un an la période maximale d'indemnisation dérogatoire.

La ligne de partage tient à un critère administratif précis, lié à la prise en charge des soins. Ceux dont la participation aux frais de santé est limitée ou supprimée au titre d'une affection de longue durée conservent trois ans d'indemnisation possible. Les autres, qui relevaient jusqu'ici du même plafond, basculent sur un an pour les arrêts visés par la date d'effet.

Trois ans ramenés à un an pour une partie des arrêts longs

Le premier décret réécrit l'article du code de la sécurité sociale qui fixe la durée d'indemnisation des arrêts longs. Jusqu'ici, un même plafond de trois ans valait pour les assurés bénéficiant de la durée d'indemnisation dérogatoire. Le texte coupe désormais ce régime en deux branches, chacune dotée de sa propre durée maximale. La première branche garde trois ans, tandis que la seconde descend à un an.

Cette durée maximale désigne la période pendant laquelle l'indemnité journalière peut être servie à l'assuré. Aucun des deux textes ne fixe un nouveau montant d'indemnité. Ils ne parlent pas non plus de la durée pendant laquelle un médecin peut prescrire un arrêt. C'est bien la période de versement de l'indemnité qui est bornée par cette réforme.

Le décret ne vise pas tous les arrêts de travail, mais ceux qui relèvent de la procédure prévue pour les affections de longue durée. Pour ces affections, le code de la sécurité sociale prévoit une durée d'indemnisation qui déroge au droit commun. C'est cette dérogation que les deux textes raccourcissent pour une partie des assurés. Pour savoir si un arrêt entre dans le champ, il faut donc d'abord savoir s'il se rattache à cette procédure.

Le décret ne crée ni ne supprime le régime dérogatoire lui-même, qui reste inscrit dans la loi. Sur la durée d'indemnisation, il lie le plafond au mode de prise en charge des soins. Cette rédaction a une conséquence directe pour des assurés qui partageaient jusqu'ici le même plafond. Dès la date d'effet, deux personnes en arrêt long pourront relever de durées différentes selon la prise en charge de leurs soins au titre d'une affection de longue durée.

Deux assurés en arrêt long pourront relever de plafonds différents, selon la prise en charge de leurs soins au titre d'une affection de longue durée.

Qui garde trois ans d'indemnisation, qui passe à un an ?

Le critère retenu par le décret tient en une expression technique : la participation de l'assuré aux frais de santé. Lorsque cette participation est limitée ou supprimée au titre d'une affection de longue durée, la durée maximale reste de trois ans. Lorsqu'elle ne l'est pas, la durée maximale tombe à un an. Tout se joue donc sur la prise en charge des soins au titre d'une affection de longue durée.

Le site Service-Public, édité par la Direction de l'information légale et administrative, traduit ce critère en termes plus courants. Il parle d'affection de longue durée exonérante lorsque l'Assurance maladie rembourse les soins liés à la maladie au niveau maximal. Il parle d'affection non exonérante lorsque ces soins restent remboursés au taux ordinaire. Ce vocabulaire aide à se repérer, mais c'est la rédaction du décret qui fait foi.

Pour le premier groupe, rien ne change sur la durée, et les notices des deux décrets le rappellent. Pour le second groupe, la durée maximale est divisée par trois, puisqu'elle passe de trois ans à un an. Ce second groupe réunit des assurés qui bénéficiaient de la durée dérogatoire sans que leur participation soit limitée ou supprimée au titre d'une affection de longue durée. Le décret ne dit pas combien de personnes relèvent de chacun des deux groupes.

Les deux groupes partagent en revanche la même règle de reprise du travail, fixée à un an. Pour le premier groupe, une reprise d'un an fait courir à nouveau un délai de trois ans. Pour le second, la même reprise ouvre un nouveau délai d'un an. L'écart entre les deux régimes porte donc sur la durée indemnisable, et non sur la condition de reprise.

Le 15 octobre 2026, date d'effet pour les arrêts prescrits et en cours

La réduction à un an ne s'applique pas dès la publication des décrets au Journal officiel. Elle vise d'abord les arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026. Elle vise aussi les arrêts en cours à cette date, pour une incapacité de travail « atteignant six mois à compter de cette date ». Les deux décrets reprennent cette même formule dans leurs dispositions d'entrée en vigueur.

Une disposition transitoire protège une partie des assurés déjà engagés dans un arrêt long. Ceux qui, au 15 octobre 2026, se sont vu reconnaître le bénéfice de la procédure des affections de longue durée restent soumis à l'ancienne rédaction. Pour eux, les règles antérieures continuent de s'appliquer jusqu'au terme de la durée maximale de trois ans. Cette protection vise précisément les assurés dont la participation aux frais n'est ni limitée ni supprimée.

Deux conditions se croisent dans cette formule. La première porte sur la date de prescription de l'arrêt, avant ou après la date d'effet. La seconde porte sur la reconnaissance du bénéfice de la procédure à cette même date. C'est la combinaison des deux qui détermine si un arrêt relève du plafond d'un an ou de l'ancien plafond.

Les deux décrets fixent un calendrier en plusieurs temps, résumé ci-dessous. La date du 19 septembre y est déduite par la rédaction de la parution au Journal officiel du 18 septembre. Chaque ligne renvoie à une disposition précise des deux textes publiés au Journal officiel. Les assurés dont la participation est limitée ou supprimée au titre d'une affection de longue durée n'y figurent pas, leur plafond restant inchangé.

• Le 19 septembre 2026 : entrée en vigueur du volet sur les abus, au lendemain de la parution.
• À compter du 15 octobre 2026 : plafond d'un an pour les arrêts prescrits, hors participation limitée ou supprimée.
• Arrêts en cours au 15 octobre 2026 : même plafond lorsque l'incapacité atteint six mois à compter de cette date.
• Assurés déjà admis au bénéfice de la procédure à cette date, sans participation limitée ou supprimée : ancienne rédaction maintenue jusqu'au terme de trois ans.

Un an de reprise du travail pour rouvrir un délai

Le décret ne se contente pas de raccourcir la période indemnisable, il fixe aussi la condition pour en ouvrir une nouvelle. Le code parle de la durée de reprise du travail au-delà de laquelle le délai court à nouveau. Dans les deux branches du nouveau régime, cette durée de reprise est fixée à un an. Pour le second groupe, la règle devient donc symétrique, avec un an indemnisable et un an de reprise.

Pour les assurés relevant du plafond de trois ans, la même reprise d'un an relance un délai de trois ans. Le rapport entre la durée travaillée et la durée indemnisable diffère donc d'un groupe à l'autre. Pour le second groupe, une reprise d'un an ouvre un nouveau délai d'un an seulement. Le passage modifié ne précise pas comment se décompte une reprise entrecoupée de courts arrêts.

Service-Public présente cette condition du point de vue du salarié qui souhaite bénéficier d'une nouvelle période d'indemnisation. Sa présentation évoque une reprise d'au moins un an pour une nouvelle période au titre de la même maladie. Le décret, lui, parle de la durée de reprise au-delà de laquelle le délai court à nouveau. La mention de la même maladie ne figure pas dans l'alinéa réécrit, ce qui renvoie au texte lui-même pour les cas limites.

La notion de reprise n'est pas une création du décret, puisqu'elle figure déjà dans la loi à laquelle il renvoie. Le décret fixe, pour chaque branche, la durée de reprise dans l'article réglementaire. Il remplace pour cela les anciens alinéas par un point unique qui distingue deux cas. Cette réécriture rend la comparaison entre les deux groupes directement lisible dans le code.

Indépendants, fonctionnaires et ministres des cultes suivent la même règle

Le premier décret vise les assurés des régimes de base, ceux du régime général et les salariés du régime agricole. Il ajoute les clercs et employés de notaire, qui relèvent d'une caisse de retraite et de prévoyance propre. Pour ces derniers, le décret modifie aussi le texte de leur régime, qui mentionnait une période de trois ans. La nouvelle rédaction renvoie aux périodes fixées par le code de la sécurité sociale.

Le second décret, signé le même jour, étend la réforme à d'autres catégories d'assurés. Sa notice cite les travailleurs indépendants, les ministres des cultes et les membres des congrégations et collectivités religieuses. Elle cite encore les fonctionnaires de l'État et les magistrats qui bénéficient d'une durée d'indemnisation dérogatoire. Pour chacun, le texte aligne les références de leur régime sur les deux périodes du nouveau dispositif.

La même exception figure dans le second décret comme dans le premier. Les assurés atteints d'une affection de longue durée avec participation aux frais limitée ou supprimée conservent trois ans. Les deux notices emploient la même formule pour le dire, ce qui assure une lecture homogène entre régimes. Un indépendant et un salarié dans la même situation de prise en charge relèvent donc du même plafond.

Le second décret vise l'avis du Conseil de la protection sociale des travailleurs indépendants, rendu le 3 septembre 2026. Le premier vise l'avis du conseil central d'administration de la Caisse centrale de mutualité sociale agricole, daté du 4 septembre 2026. Les conseils de la Caisse nationale de l'assurance maladie et de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie se sont prononcés le 8 septembre 2026. Les visas ne disent rien du sens de ces avis, que les décrets ne reproduisent pas.

Que prévoit le volet sur les abus d'arrêts de travail ?

Le premier décret porte un second objet, annoncé dès son titre : la sanction des abus. Sa notice indique qu'il prévoit la possibilité de pénaliser un assuré qui abuserait de sa qualité d'assuré social. L'abus visé consiste à obtenir de manière injustifiée des prescriptions d'arrêt de travail sans lien avec l'état de santé. Le texte procède par l'ajout de quelques mots dans un article existant du code.

L'article modifié comportait déjà les mots « sans lien avec leur état de santé ». Le décret insère juste après eux les mots « ou une prescription d'un arrêt de travail non justifié ». La prescription d'un arrêt non justifié entre ainsi dans le champ de cet article, que la notice rattache à la pénalisation des abus. Le passage ajouté ne fixe pas lui-même le montant de cette pénalité.

Ce volet entre en vigueur plus tôt que la réduction de durée. La notice fixe son application au lendemain de la publication du décret au Journal officiel. Le décret ayant paru le 18 septembre 2026, ce volet s'applique depuis le 19 septembre 2026. La réduction de la durée d'indemnisation attend, elle, la date d'effet d'octobre.

Le passage modifié ne définit pas ce qui rend un arrêt de travail non justifié. Il ne dit pas non plus qui constate l'abus ni selon quelle procédure. La notice parle d'ailleurs, au conditionnel, d'un assuré qui « abuserait » de sa qualité d'assuré social. L'ajout se lit donc avec l'article qu'il complète, dans sa version consolidée.

Ce que la présentation de Service-Public simplifie

Le site Service-Public a présenté la réforme le 24 septembre 2026, six jours après la parution des décrets. Sa présentation parle surtout de salariés, alors que les textes visent des assurés sociaux de plusieurs régimes. Elle mentionne bien l'extension aux indépendants, aux fonctionnaires, aux magistrats et aux ministres des cultes. Le terme de salarié reste pourtant plus étroit que le périmètre réel des deux décrets.

Un écart plus fin concerne les arrêts déjà en cours à la date d'effet. La présentation indique que les assurés en arrêt depuis plus de six mois à cette date restent soumis à l'ancienne règle. Le décret retient un autre critère, la reconnaissance à cette date du bénéfice de la procédure des affections de longue durée. Lorsque les deux formulations ne se recouvrent pas, c'est le texte au Journal officiel qui fait foi.

La lecture du premier décret fait aussi apparaître un détail de rédaction dans sa propre notice. Celle-ci annonce des dispositions allant jusqu'au sixième point de l'article premier, alors que cet article n'en compte que cinq. L'article trois du décret vise, lui, les points deux à cinq, ce qui correspond au contenu réel du texte. Les deux passages retiennent en tout cas la même date d'effet.

Pour les assurés en arrêt long, la réforme tient ainsi à deux questions : la date de l'arrêt et la prise en charge des soins. Les deux décrets ne donnent aucun chiffre sur le nombre d'arrêts qui basculeront sur le plafond d'un an. Ce chiffre, s'il est un jour publié par l'Assurance maladie, dira la portée réelle de la mesure. La prochaine étape observable reste l'application de la date d'effet aux premiers arrêts prescrits en octobre.

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